В центре сюжета — Матильда Вормвуд, развитая не по годам девочка-вундеркинд, которая сталкивается с полным равнодушием со стороны своих родителей, не замечающих её способностей в обучении и стремления быть самостоятельной. В школе она демонстрирует повышенную успеваемость и становится любимицей у молодой учительницы Дженнифер Хани, которая хочет перевести её в более старший класс. Дружный тандем доброй школьной учительницы и Матильды оказывается не по нраву деспотичной директрисе, мисс Агате Транчбулл, любящей подвергать непослушных учеников самым изощрённым наказаниям.